La création de ce nouveau parcours permanent a été l’occasion de lancer un immense chantier des collections : déplacements, photographies et études, recensements, dépoussiérages, dessalements, consolidations, reprises et restaurations. Ces étapes ont permis de porter un regard nouveau sur ces collections et de mieux en connaître l’histoire et les secrets.

Ce chantier des collections et d’installation des œuvres dans les espaces muséographiques a nécessité de manipuler à la fois des éléments monumentaux pesant pour certains plus d’une tonne, et des éléments plus fragiles tels que mosaïques, peintures murales et petits objets, parfois composés de matière organique (laine, bois, …). Ainsi, pour composer ce nouveau parcours de visite, ce sont près de 1 000 œuvres qui ont été déplacées et réintégrées dans un nouvel environnement mieux adapté à leur conservation et à leur présentation.

Résultat d’un travail collectif entre scientifiques, archéologues, conservateurs, restaurateurs, socleurs, scénographes, régisseurs et médiateurs, le parcours permanent présente les fleurons d’une collection riche au total de près de 10 000 pièces et dont les trois points forts sont un ensemble de 1500 blocs lapidaires parmi les plus importants d’Europe, une série remarquable de peintures murales et de mosaïques provenant des fouilles de luxueuses maisons romaines et le mobilier de fouilles issus des recherches du DRASSM  (Département des recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines).